В 1929 году вокруг его имени, и так не остающейся без внимания ревностных охранителей правительственной литературы, – разразился очередной скандал. Вместе с Е. Замятиным Пильняк был подвергнут широкомасштабной организованной травле, поводом для которой стала публикация в Берлине в издательстве «Петрополис», где печатались советские писатели, его повести «Красное дерево» и романа Е. Замятина «Мы». Пильняк в то время возглавлял Всероссийский Союз Писателей, и причина скандала заключалась в том, что полная централизация всех структур государства и общества, полным ходом шедшая в стране, коснулась и писательских организаций, которыми, в частности, руководили Пильняк и Замятин. Стройность идеологических рядов к этому времени становится важнейшей задачей лидеров страны.
В ответ на разгоревшуюся травлю 2 сентября Пильняк подал заявление о выходе из Союза писателей: «В Правление Всероссийского Союза Писателей от Б. Пильняка. Прошу не считать меня от сего числа членом Правления Союза писателей. Бор. Пильняк. 2 сент. 1929». В архиве Пильняка хранится и другой документ: «В Правление Моск<овского> отд<еления> Вс<ероссийского> Союза Писателей от Б. А. Пильняка и Б. Л. Пастернака. Просим от сего числа членами Союза нас не числить. 21 сент. 929 г. Б. Пастернак, Бор. Пильняк».
7 октября это же сделал Е. Замятин. В знак протеста против исключения из Союза Пильняка и Замятина и нападок на них из Союза вышла и Анна Ахматова.
Скандал разразился повсеместно, шел по нарастающей и закончился только в апреле 1931 г. Все это время повесть в 51 стандартную страницу упорно называлась «романом». В защиту Пильняка выступил М. Горький, который не раз критиковал творчество и общественное поведение писателя. Он не согласился с таким отношением к нему, которое «как бы уничтожает все его заслуги в области советской литературы»: «Я всю жизнь боролся за осторожное отношение к человеку, и мне кажется, что борьба эта должна быть усилена в наше время и в нашей обстановке…». Статья Горького вызвала нападки на него самого. Однако он не отступил. В новом газетном выступлении «Все о том же» он высказался еще шире: «Кроме Пильняка, есть немало других литераторов, на чьих головах „единодушные“ люди публично пробуют силу своих кулаков, стремясь убедить начальство в том, что именно они знают, как надо охранять идеологическую чистоту рабочего класса и девственность молодежи <…>».
К этому времени ситуация вокруг имени Пильняка сложилась таким образом, что он оказывается в роли вечно виноватого и ему приходится бороться за возможность публиковаться. Ему не остается места в стране. Работать, думать и жить становится все труднее. Все сильнее давит пресс диктатурного режима, все чаще ему приходится защищаться и обращаться напрямую к лидерам государства. Письма к Сталину и Кагановичу говорят о том, что и это он делал с достоинством уважающего себя и знающего себе цену писателя. Получив от Сталина разрешение на выезд, в 1931 году Пильняк уезжает в Америку, а затем в 1932 году – в Японию и пишет романы «О’кэй. Американский роман» и «Камни и корни».
В 1933 году Пильняк женится в третий раз на грузинской актрисе К. Г. Андроникашвили, в октябре 1934 года у него рождается младший сын Борис. Об этом периоде зрелости, новых надежд на будущее и о своей любви он пишет роман «Созревание плодов» (1935). Несмотря на его попытку в романе «Созревание плодов» взглянуть на социалистическое развитие как на процесс созидательный а полномасштабный, Пильняк так и не смог отвернуться от той России, которая никак не укладывалась в отведенные и определенные ей коммунистами рамки. В 1933 году Пильняк довольно точно выражает создавшуюся в стране ситуацию: «Я понял, что сейчас надо идти с большевиками, а если не пойдешь с большевиками, удочки надо сматывать, иначе ничего не получится».
И все-таки он до последней минуты, в ожидании ареста, не перестает повторять: «Я наблюдатель. Партия сама по себе, я сам по себе. В партии у меня есть знакомые и незнакомые».
В 1935 году выходят два его последних прижизненных сборника произведений – «Избранные рассказы» и «Рождение человека». Эти книги, несмотря на сложившуюся к этому времени в стране и вокруг него, в частности, обстановку – так же интересны и последовательны в творческом развитии писателя, как и его более ранние произведения. Его надеждам не суждено было сбыться – больше прижизненных изданий произведений Пильняка не выходило, его перестали печатать, если не считать отдельные редкие публикации в журналах, общение с ним становилось опасным, некоторые считали его арестованным, а он все больше ощущал себя загнанным в угол.
Иллюзий по поводу своего будущего в стране он не строил. И тем не менее, не переставал повторять: «Считал и считаю до сих пор: звание писателя аналогично званию геолога, писатель, как геолог, должен ходить в неоткрытые земли, пространства, ощущения, мысли и открывать их, как это делают геологи, – и делается это не только содержанием, но и формой, тем инструментом, который находится в руках у геолога; о „содержании и форме“ у человечества идет давнишний спор <…> что касается меня, то я, за очень малыми исключениями, всегда брал материалом для себя современность, не боясь темы и доводя ее зачастую до того сегодняшнего дня, когда заканчивался мой рассказ, – не боясь темы, отправляясь в неизученность, придумывая новую форму – и ошибаясь поэтому иной раз».
25 января в страшный 1937 год на общемосковском собрании писателей с повесткой «О процессе фашистско-троцкистской банды предателей Пятакова, Радека, Сокольникова, Серебрякова и их многочисленной шайки» Б. Пильняк делает Заявление, в котором опять повторяет: